自治区农垦局是明阳工业区开发建设的主体部门，为推进明阳工业区开发建设，自治区农垦局成立了明阳工业区工作委员会，局领导班子兼任明阳工业区工作委员会领导班子，下设综合部、招商部、开发服务部、计划财务部等职能部门。2006年3月成立明阳工业区管理委员会，原工业区内设的综合部、招商部、开发服务部和财务部为明阳工业区管理委员会的四个职能部门。
明阳工业区管理委员会是明阳工业区开发建设工作的具体执行机构，是为入区企业提供服务的主体部门，为进一步细化职能，为入区企业提供专业化服务，明阳工业区管理委员会成立办公室、劳动人事局、财政局、招商局、经济发展局、国土资源局、建设规划局、社会事业管理局、安全生产监督管理局等职能部门。综合部下辖办公室、劳动人事局、财政局三个职能部门；招商部下辖招商局、经济发展局、国土资源局、建设规划局四个职能部门；开发服务部下辖社会事业管理局、安全生产监督管理局两个职能部门。
明阳工业区管理委员会：
主任：潘瑞坚
副主任：刘昌辉
主任助理：李启松